La presenza di numerosi ambienti in forma di "tabernae", in particolare lungo i percorsi esterni, non è necessariamente indice di una funzione commerciale del complesso: anche le vie basolate che ne costituiscono i percorsi esterni sono infatti accessibili prevalentemente mediante scale che superano i dislivelli, e pertanto non erano percorribili dai carri necessari per il trasporto delle merci. Il monumento doveva piuttosto costituire una sorta di "centro polifunzionale", dove si svolgevano attività pubbliche soprattutto di tipo amministrativo. La distribuzione degli ambienti, i loro collegamenti e l'articolazione dei percorsi interni dovevano dipendere dalle diverse funzioni delle stanze.

Come uffici o archivi, in stretto collegamento con il complesso forense.La funzione commerciale era stata messa in correlazione con le preoccupazioni di Traiano circa la precaria situazione annonaria della città, e il complesso era visto come punto finale di un gigantesco sistema di rifornimanto che aveva tra le tappe il porto di Traiano a Fiumicino. Negli ambienti del "Corpo centrale" doveva aver sede il procurator Fori Divi Traiani, citato in un'iscrizione recentemente rinvenuta, e preposto probabilmente all'amministrazione e alla gestione del complesso monumentale.
 

Il "Museo dei Fori Imperiali nei Mercati di Traiano" fa parte del "Sistema dei Musei in comune.
Inaugurato nell’autunno 2007, si propone di illustrare le architetture antiche dei Fori Imperiali e la loro decorazione architettonica e scultorea. Sono presentate le ricomposizioni di alcune partiture degli edifici antichi, realizzate con frammenti originali, calchi e integrazioni modulari in pietra, secondo la scelta museografica della reversibilità, che hanno lo scopo di restituire al visitatore la percezione della loro originaria tridimensionalità e di far apprezzare la ricchezza dei programmi figurativi, strumenti della propaganda imperiale.

Il percorso espositivo inizia nella "Grande aula" con l’introduzione all’area dei Fori e la rappresentazione di ognuno attraverso i rinvenimenti più importanti. Al livello superiore della "Grande aula" sono le sezioni del museo dedicate al Foro di Cesare e al tempio di Marte Ultore nel Foro di Augusto (“Memoria dell’antico”). Sullo stesso piano il museo prosegue nel "Corpo centrale" con la sezione dedicata al Foro di Augusto, illustrando anche la sua funzione di “modello” per i Fori delle capitali provinciali romane.
 

Gli ambienti della parte superiore dei Mercati di Traiano, che ospitano il museo sono stati oggetto negli anni 2005-2007 di importanti restauri strutturali e conservativi. Il museo sarà completato con la sezione sul Foro di Traiano, che sarà ospitata negli ambienti delle "Aule di testata", a diretto contatto con i resti antichi, dopo i necessari restauri. Oltre al Museo dei Fori Imperiali, i Mercati di Traiano ospitano anche mostre temporanee.

Il museo si avvale di un sistema di comunicazione mista, con pannelli tradizionali e video che si avvalgono di tecnologie multimediali, con lo scopo di riproporre il collegamento tra i materiali esposti, l'aspetto antico degli edifici a cui appartenevano e i resti di essi conservati nelle aree archeologiche.